Am 13. Januar 2017 veröffentlichte die Frankfurter Allgemeine Zeitung (FAZ) den Beitrag „Tierhalter härter kontrollieren“. In diesem setzen sich Prof. Dr. Achim Spiller und Theresa Bernhardt (beide Georg-August-Universität Göttingen) mit den Kontrollen tierhaltender Betriebe auseinander. Die Autoren bemängeln die Häufigkeit der Kontrollen und das Wissen sowie die Einstellung der Kontrolleure. Den Tierhaltern werden Betrugsabsichten unterstellt.
Die pauschalen Aussagen der Autoren offenbaren mangelndes Praxiswissen in Bezug auf Tierhaltung sowie Organisation und Durchführung der Kontrollen. Dies betrifft die amtliche Überwachung ebenso wie private Qualitätssicherungssysteme.
Für das QS-System und die am QS-System teilnehmende Wirtschaft sowie für die im QS-System zugelassenen Auditoren und Zertifizierungsstellen stellt QS folgendes fest:
Das derzeitige Vorgehen bei der Durchführung unangekündigter Audits im QS-System entspricht den Anforderungen der EU-Leitlinien für eine gute Praxis für freiwillige Zertifizierungssysteme für landwirtschaftliche Erzeugnisse und Lebensmittel. Kurzfristig, praktisch über Nacht, lassen sich wesentliche Dokumente oder Haltungsbedingungen in Tierställen nicht so verändern, dass ein versierter Fachmann und Auditor dies nicht registriert. Die QS-Kontrollen sind darauf ausgerichtet, die Umsetzung der Anforderungen an die Tierhaltung festzustellen und nicht, um investigative Recherchen durchzuführen. Außerdem ist es nicht Zweck und Gegenstand eines privatwirtschaftlichen Qualitätssicherungssystems, Aufgaben der Überwachungs- oder Strafverfolgungsbehörden wahrzunehmen.
Die Auditoren im QS-System müssen neben einer landwirtschaftlichen oder lebensmittelbezogenen Ausbildung mindestens zwei Jahre Berufserfahrung in der Tierproduktion, einen mehrtätigen Auditorenkurs sowie umfangreiche Auditerfahrung nachweisen. Zusätzlich müssen sie an jährlichen Schulungen zum QS-System teilnehmen, ihre Sachkunde im Rahmen jährlicher Tests sowie begleiteter Audits unter Beweis stellen und bei ihrer Arbeit den Verhaltenskodex für das QSSystem beachten. Unabhängig davon müssen Zertifizierungsstellen und Auditoren akkreditiert sein. Sie werden durch die Deutsche Akkreditierungsstelle (DAkkS) regelmäßig überwacht.
Die Tierhalter im QS-System haben sich zur Einhaltung strenger Anforderungen verpflichtet, die von QS-zugelassenen, akkreditierten Zertifizierungsstellen und Auditoren regelmäßig und konsequent kontrolliert werden. Die Anforderungen umfassen auch die tiergerechte Haltung und den verantwortungsvollen Einsatz von Antibiotika. Im QS-System wird der Einsatz von Antibiotika in einer zentralen Datenbank erfasst. Verstöße und die Nichterfüllung von Anforderungen führen zur sofortigen Sperre des Betriebes und zu einem Sanktionsverfahren, das erhebliche Geldstrafen, verstärkte Kontrollen und den befristeten Ausschluss vorsieht. Allein im Jahr 2016 wurden 456 Sanktionsverfahren bei Tierhaltern im QS-System durchgeführt.